La historia del IIMAS se remonta a 1958 con la creación del Centro de Cálculo Electrónico (CCE), donde se instaló la primera computadora de la UNAM, la IBM 650, marcando el inicio de la era de la computación en México. En 1970 el CCE se transformó en el CIMASS, y en 1973 surgió el CIMAS, dedicado a la investigación en matemáticas aplicadas y computación. Finalmente, en 1976 nació el IIMAS, que desde entonces se ha consolidado como referente nacional e internacional en investigación, docencia y desarrollo interdisciplinario.